Создать штабной корабле и сделать его двухместным! Флитком садится пассажиром и у него в руках все возможности управления боем без отвлечение внимания на безопасность корабля - этим занимается пилот.
Причем пассажир может сесть в корабль не только на станции, а везде, в любом месте космоса - подлетел и выбрал "сесть пассажиром". Пилот штабного корабля может ограничивать доступ к пассажирскому месту, либо указать персону, либо разрешить принимать на борт только флиткома. Соответственно штабной корабль с флиткомом на борту получает бонусы к защите и/или к чему нибудь еще.
Еще есть идея оснастить штабной корабль спасательным шлюпом для флиткома. За мгновение до взрыва штабного корабля ФК выбрасывают в космос на шлюпе (не яйце, на яйце уходит пилот). Шлюп будет обладать большой скоростью, высоким вапр стабом (чтобы не заловили скрамблером), большим обьемом шилда, малыми броней и структурой. Регена щита никакого не будет - задача спасательного шлюпа моментально отварпать от места боя. Можно даже сделать так чтобы он уварпывал автоматически в любую точку простанства на расстояние 1-2 AU, но не к объектам системы.
Если реализовать автоотварп, то шлюпу будет не нужна большая скорость (большая скорость дольше уходить в варп), а нужна будет большая ажилити и низкая инерционность. Хотя если предположить, что в бою участвовали дикторы и работали мобилки, то систему авто уварпа следует откорректировать. А именно, координата сейфпоинта определяется перед выбросом или вообще сразу по запрыгу в систему (так даже проще), а само спасение происходит так
катапультирование -> разгон на точку сейф поинта -> отлет на 50км от врека -> варп
Думаю что стоит добавить, шлюп катапурьтипуется с включенной одноразовой клокой, если шлюп расклочивают то соответственно повторго ее влючить нельзя.
Также можно сделать вариант уварп шлюма с фк к запасному штабному кораблю, главное чтобы он был, ну и конечно чтобы от был на расстоянии больше минимально необходимого для варпа.
Предвидя возражения замечу, что во всез сражениях командира берегли. Нет командира - войско обезглавлено. К тому же, никто не мешает поймать спасательный шлюп фк и добить его.
Можно добавить что то типа фрага командующего флотом. Когда адмирал прибывает на флагман, там поднимается флаг/штандарт командующего флотом. Т.е. враги теперь смогу визуально определить на каком корабле находится ФК и атаковать его первым.