как делать Upgrade кораблям (имеються три слота, а что с ними делать незнаю)
В эти слоты ставятся т.н. риги. Посмотреть на них можно в маркете в разделе Ship Modifications. Риги разделены по типам (на что влияют) и для каждого типа нужен свой скилл.
Короче: забей пока, риги - это довольно скиллоёмкое и главное ДОРОГОЕ дело