Ты главное по ходу лоу-левел кастомизации не забывай, что они может накрыться медным тазом при следующем обновлении. С умом вощем подходи. А то костылизация получится вместо кастомизации.
Всё продумано. Конфиг файлики лежать в хоум директории, вся кастомизация в /etc документируется унутрях соответствующих скриптов, задача которых сопсна вернуть конфиг как надо в случае каких нить косяков. Плюс к тому - в случае если сдохнет железо - я смогу одним движением руки накатить все кастомные конфиги на новую машину.