А клиент используется один или несколько ? Если несколько то с недавних пор у них папки разные с настройками. Например:Хм, я не нашел в папке с файла с id твинка, хотя основного чара есть.
C:\Users\%username%\AppData\Local\CCP\EVE\%путь_к_папке клиента%\settings\
или
c:\Documents and Settings\%username%\Local Settings\Application Data\CCP\EVE\%путь_к_папке клиента%\settings\
Может ещё при запуске клиента даётся ключик чтоб он хранил настройки в папке с клиентом ?