Запилить чем? На фрезерном станке? У всех же дома есть.
Прежде чем уродовать железку, посмотрите на отпечаток термопасты. И думаю таки полировка зарешает получше, уменьшит слой пасты, а это улучшит отвод.
Запилить ручками, наждачкой на стекле. На трудах прогуливал что ли?
П.С. решает не полировка, а увеличение площади контакта. По своему опыту скажу, даже топ кулера с завода идут с не очень ровным основанием. Крышки процов тоже.