На полтора столетия позже, к тому моменту уже упоролся в модовые гигаструктуры так что исследований под 100к в месяц и аллоек под 10к. Так же ещё раз упомяну Unlimited Command Limit, увеличивающий лимит флота до 5к/
У самой игры ограничение на лимит флота 9999. Правда, чтобы столько сделать нужно ручками изменить репит техи на лимит станций и лимит флота.
Папка
C:\Program Files (x86)\Steam\steamapps\common\Stellaris\common\technology
Файл
00_soc_tech_repeatable.txt
Теха
tech_repeatable_naval_cap
Выставить levels в -1
Предельно даст 2400 лимита флота
tech_repeatable_improved_starbase_capacity
Также levels в -1
Ну тут до 999 станций 
Есть тут tech_repeatable_command_limit на командный лимит одного флота, но её не трогал
Ну и параметры центра координации понадкрутить никто не мешает, выставил +600 к лимиту 
В принципе там все характеристики игры меняются, только блин диапазон размеров планет при генерации галактики не нашёл
Накрутил ещё количество разрушенных мегаструктур, и выставил нереальную стоимость дозорного комплекса, дабы нпс не строили, лагает шо ппц