Магнус раскаивается в своих поступках, испытывает отчаяние и желание все исправить. Именно поэтому он отсылает корабли от Просперо и закрывает доступ к варпу своим предсказателям. Он именно хочет, чтобы лояльные Волки не понесли потерь в противостоянии с Сынами, потому что грядет Ересь - именно так он говорит своим капитанам в книге.
Но при этом он не делает самое логичное - полностью взять ответственность на себя лично, заплатив за грехи своей свободой или жизнью и выведя из под удара жителей Просперо и Легион. Нет, он устраивает спектакль со слезами и нерешительностью. А потом у него подрывает батхертоукладку и он таки принимает предложение Тзинча.
В том то и дело, что Магнус непоследователен и психологически слаб. Он не решается полностью взять ответственность на себя и принять последствия своего выбора, оставшись лояльным. И он не решается в открытую и честно признаться себе, что его путь идет вразрез с Императором и в полную силу выступить против Волков. Размазня какая-то. И финал его вполне закономерен.
Дак собственно вокруг этого и строится весь сюжет Ереси, что ни один из примархов не был полноценным человеком. И хаос отлично этим воспользовался создав нужную им картину.
Или Император все это продумал заранее однозначно зная что его "сыновья" не полноценны в психологическом плане.