Международными конвенциями запрещено иметь вооруженгие и военных на гражданских судах. Как максимум, Японцы ставят ультразвуковые глушилки по периметру. При приближении лодки сильно бъет по ушам и голова болит невыносимо сильно, но голод в Сомали сильнее 
Любое нахождение на судне, как военных, так и оружия- приравняет судно к пиратскому и будет задержано.
ПРо то как потопить судно в море не буду спорить, считаю профессионалам это по плечу. В Сомали тоже не идиоты, как показало американское вторжение - это единственная страна, где им дали прикурить.
Полагаю если пираты потопят хотя бы одно судно все международные конвенции перепишут в один день, и компаниям-перевозчикам разрешат держать вооружённые группы на транспортах. Мне не совсем понятно, почему этого не сделано до сих пор(понятно конечно, но в любом случае тут надо что-то менять). Тем более какой доходный бизнес будет для всяких охранных контор типа того же Блэкуотера.
Впринципе довольно простое действие - разрешить всего лишь нескольким полувоенным организациям лицензии на проведение мероприятий по охране. Причём связанным с правительством государства на территории которого живёт организация, а может даже и просто армейские подразделения создать, чтобы уменьшить или исключить риски пиратства уже такими судами(хотя пиратствовать на танкере это дролжно быть забавно)
Что касается потопить крупное судно типа сухогруза или танкера - танкер да, сжечь не большая проблема, если он полный, а пустой или там сухогруз это надо действительно очень много взрывчатки. И взрывать в определённых местах, не думаю, что у сомалийцев есть возможность доставки такого количества тротила, и, тем более, достаточные инженерные знания для правильного подрыва.
Одно дело мост взорвать или здание и совсем другое подорвать корабль так, чтобы он утонул...