зависит от того как был загружен инсталлятор винды, если в bios включена uefi загрузка и bios найдет fat32 раздел на флещке с bootx64.efi - винда переключится в uefi инсталляцию. от формата самой флешки не зависит, так как флешку можно создать загружаемой в обоих режимах.и как то можно напрямую указать винде - устанавливаться в UEFI режиме или Legacy? Или это зависит от того как было создана загрузочная флешка и только?
Есть спорный момент - если целевой диск был уже отформатирован в MBR, но инсталлятор запущен в uefi режиме. В теории нет препятствий чтобы инсталлятор создал еще один fat32 раздел внутри mbr и поместил туда uefi загрузчик, но на практике надо проверять какая винда и как это переварит.