По залоченной цели, правым кликом открывается список систем корабля (орудия, двигательные установки, нейтры и т.д.) и можно выбрать одну из систем для нанесения по модулям этой группы основного урона от залпа, остальная часть урона как и сейчас идет по самому кораблю. (например, 50/50 или 70/30 процентаж надо высчитывать). Таким же образом можно отменить "прицельный огонь".
При этом шилд и броня дают резисты и для модулей. Т.е. сломать модули все одно не столь просто. Поврежденные, но не сломанные модули - можно чинить нанопастой.
Повреждения от перегрева плюсуются с повреждениями от огня противника(т.е. перегрев также продолжает ломать модули как и сейчас).
Как вариант, стрельба по группе модулей имеет более высокую сложность (например, - 40% на попадание по шипу).
+ появление достаточно значимой тактической составляющей при боях малых гангов и соло.
- много криков, что неприятно, когда вырубают "дорогие" модули.

По поводу альфа флитов и т.д.
Для частичного фикса альфа флитов:
- Вводим модуль с резистами 90-99,9 сопротивления ко всем типам повреждения, но он работает лишь 4-6 сек с момента активации, потом ломается (чинить только на станции).
- плюс скил к этому модулю, который дает возможность увеличить время его работы на 5уровне до 8-12секунд.
З.Ы. Да в больших зарубах, выцеливание не будет сильно ролять. Ибо входящий дамаг просто выносит шипы нафик и нет смысла ломать какие-либо отдельные модули. Но в малых стычках возможны весьма интересные повороты событий и бой становиься много интереснее...

З.З.Ы. Поценты распределения повреждений указаны для наглядности. Их надо как следует просчитывать для адекватного баланса. Что в принципе не так сложно на подготовительном этапе...

Да, и здесь нет большого усложнения расчетов для сервера, просто чуть иное распределение получаемого повреждения.