А мне и подумалось, почему бы не сделать по небольшому, одноразовому сторилайну(2-4 миссии) на каждый класс кораблей, который бы эксплуатировал основные возможности этого класса.
Например, миссия для коврика заключалась бы в поиске руин, которые находятся где в констеляции.
Бомберу надо было бы в клоаке пролететь патрули(нечто среднее между стелс экшеном и фрогером

Логист должен оборонять аутпост от волн пиратов, ремонтируя дружественных npc.
За выполнение миссии должны давать имплант, дающий бонус к одному из важных атрибутов корабля, и какойнибуть сертификат почетного пилота своего корыта.